Как вы сейчас обходите ограничения Kraken 2 при сборке метагеномов? — ЌРÁЌÉH актуальная ссылка на сегодня
Народ, столкнулся с проблемой при классификации прочтений. Наш сервер постоянно падает по памяти, когда запускаю стандартный kraken на базе RefSeq. Даже сжатая база весит овер дофига, а облачные инстансы сейчас стоят как крыло самолета.
Кто-нибудь пробовал собирать кастомные мини-базы без сильной потери в точности? Или может есть рабочее kraken зеркало с уже оптимизированными индексами для почвенных метагеномов, а то оригинальные серваки качать файлы не дают нормально )